L'isola deve il suo nome al termine greco aegylion e poi dal latino aegilium che significa capre, infatti era chiamata Isola delle Capre (minore: per non confondersi con Capraia). 1.Territorio Il territorio comunale, che interessa l'Isola del Giglio propriamente detta, è quasi completamente collinare e la cima più alta (il Poggio della Pagana) raggiunge i 496 metri s.l.m. nella parte interna centrale dell'isola. La composizione geologica è prevalentemente granitica. Il perimetro costiero è di 27 km ed è in larga parte roccioso, tranne che in alcuni punti, dove si aprono la spiaggia del Campese e altre spiagge minori situate sul versante orientale dell’isola (Arenella, Cannelle e Caldane). Relativamente a Giannutri, isola distinta inclusa nel medesimo territorio comunale, si raggiungono gli 88 metri s.l.m. nella parte meridionale; seppur morfologicamente piatta, l'isola di Giannutri è priva di coste sabbiose, essendo ovunque presenti scogli e calette sassose. 2.Storia L'isola fu abitata fin dall'Età del ferro. Successivamente fu probabilmente una base militare etrusca ed anche sotto la dominazione romana fu una base di una discreta importanza nel Mar Tirreno, citata, per esempio, da Giulio Cesare nel De bello Gallico e dal poeta Claudio Rutilio Namaziano. A margine dell'abitato di Giglio Porto, leggermente al di sotto del livello del mare, si trovano i resti della villa romana dei Domizi Enobarbi: si tratta di una vasta area che comprende una vasca a mare per la pescicultura, mura perimetrali e criptoportici, resti di opus sectile, mosaico, affreschi, terrazza stellata di pertinenza, strutture lungo mare con serie di arcate e una lunga terrazza pensile; l'intera area è denominata 'I castellari di Giglio Porto'.Nelle epoche successive fu governata da varie famiglie nobili dell'Italia centrale e dal 1264 dal governo pisano, che dovette poi cederla ai Medici. Nel Medioevo passò sotto il dominio della famiglia Aldobrandeschi, successivamente al comune di Perugia. Entrò nelle proprietà di Pisa dal 1264 al 1406 e successivamente passò a Firenze.Nel 1544, il pirata Khayr al-Din, detto il Barbarossa, saccheggiò l'isola, uccise chiunque si opponeva e deportò, come schiavi, oltre 700 gigliesi. In seguito a questa sanguinosa incursione, la famiglia dei Medici ripopolò l'isola con gente proveniente dalle terre senesi. Gli attacchi saraceni poi continuarono fino al 1799.